Tháng 12 năm thứ 8 (1869), tướng Tương quân là Lưu Tùng Sơn bị nghĩa quân dân tộc Hồi ở Bắc Sơn [23] giết chết. Tây thái hậu (tức Từ Hi) muốn Lý Hồng Chương vào Thiểm làm Đốc biện quân vụ, Thiểm Cam tổng đốc Tả Tông Đường không muốn Hồng Chương tranh công, bèn phái bộ tướng tâu lên rằng tặc phỉ bị dẹp gần xong, không cần Hồng Chương phải đến. Hồng Chương cũng không muốn giành giật với Tông Đường, bèn phái Minh Truyền đi thay. Sau khi Minh Truyền soái bọn Đường Định Khuê, Đằng Học Nghĩa, Hoàng Quế Lan đến Thiểm Tây, Tông Đường rất bất mãn, tìm cách gây khó dễ cho ông; Minh Truyền cũng tức giận, đem quân tình ở Thiểm Cam tâu lên Tây thái hậu. Tông Đường biết được thì vô cùng căm phẫn, khiến cho hiềm khích cá nhân của Minh Truyền với Tương quân càng sâu dày.

Cuộc tranh giành giữa các phái hệ trong đình nhà Thanh rất khốc liệt, không chỉ Tương – Hoài 2 quân, mà còn có bọn đại thần Ông Đồng Hòa; Minh Truyền xuất thân võ biền, nhận thấy không thể đảm đương, bèn dâng sớ nói bị đau đầu rất nặng, xin được bãi chức về làng, tiến cử Cam Túc đề đốc Tào Khắc Trung thay thế; triều đình chuẩn cho ông nghỉ dưỡng 3 tháng. Khi ấy Minh quân có đến 2 vạn người, vì bất phục Tào Khắc Trung mà nảy ra xung đột, Minh Truyền do tiến cử lầm người phải chịu cách chức chờ xử lý. Việc này khiến Minh Truyền càng thêm chán nản, bỏ về quê nhà, xây dựng trang viện, tu sửa các con đập Lưu Lão (ở Tây hương) và Lưu Tân (ở Ma Phụ [24]).

Minh Truyền nhàn cư ở quê nhà đến mười mấy năm, không rõ vì sao. Đây là thời gian mà Lý Hồng Chương (đại biểu của Hoài quân) vươn đến đỉnh cao quyền lực, đối trọng của ông ta chỉ có thể là Tả Tông Đường (đại biểu của Tương quân). Có lẽ Thanh triều lo sợ Minh Truyền sẽ giúp cán cân nghiêng hẳn về phía Hồng Chương – bởi các nhân vật xuất thân từ Tương quân không ai sánh được với ông về công trạng và danh vọng; mặt khác có lẽ bản thân Hồng Chương nhiều năm nhờ cậy Minh Truyền, cũng e ngại ông công cao át chủ. Một thuyết khác cho rằng Ông Đồng Hòa – thầy của Quang Tự hoàng đế – từng chiêu dụ Minh Truyền, nhưng bị phớt lờ; việc này góp phần gây trở ngại cho hoạn lộ của ông.

Trong suốt thời gian này, thế nước ngày càng suy yếu, nỗi lo ngoại xâm cứ lớn dần, Minh Truyền thường xuyên đi lại với các thành viên phái Dương Vụ và những nhân sĩ có tư tưởng cải cách, dần được mở mang tầm mắt. Năm Quang Tự thứ 6 (1880), người Nga trả lại Y Lê, triều đình tranh luận về vấn đề biên phòng. Minh Truyền được triệu về kinh, lập tức dâng sớ đề nghị xây dựng đường sắt, cho rằng lợi ích không chỉ ở việc giao thông nam bắc, mà còn ở việc điều động binh lương, lại nói đây là cơ sở để đất nước tự cường.